21世纪以前，瑶族传统音乐研究以自律性的本体分析研究为主，兼有少部分结合社会、历史、文化语境的综合性研究。进入新世纪之后，由于受到人文社会科学方法论的渗透和影响，瑶族音乐研究体现出鲜明的跨学科性。然而在实际的研究中也存在着一些问题：在瑶族音乐形态的描述与分析时，还明显带有受到以西方古典音乐和汉族传统音乐为中心的分析评价观念影响的痕迹；目前的研究多以共时性的个案考察为主，较多关注到当下的音乐表演活动，缺乏对其发展变迁轨迹的历时性观照与审视；针对瑶族传统乐器的乐器学、乐律学、音乐声学方面的问题关注者较少；有关瑶族跨界音乐文化的比较研究力度不够，亟待针对中国与缅、老、泰、法、美等国瑶族音乐展开综合比较研究。